Era hijo de una esclava negra, y fue adquirido por la hija del Gran Capitán (Gonzalo Fernández de Córdoba), y duquesa de Sessa, y su esposo, conde de Cabra. Tras ser comprado por Elvira Fernández de Córdoba y Luis Fernández de Córdoba, pasó a disposición del hijo de estos, Gonzalo Fernández de Córdoba, nieto del Gran Capitán. Entre ambos se gestó una estrecha relación. Al acompañar siempre a Gonzalo, Juan aprendió las mismas lecciones, y en 1538 obtuvo la libertad.
